Самый простой способ — выполнить в консоли: 

php -i | grep "Loaded Configuration File"

Но в некоторых случаях надежнее разместить в папке сайта файл с именем test.php (или любым другим — значения не имеет) с вот таким содержимым: 

<?php
phpinfo();
?>

и открыв в браузере по адресу имясайта.com/test.php  посмотреть значение строки «Loaded Configuration File»