Самый простой способ — выполнить в консоли:
php -i | grep "Loaded Configuration File"
Но в некоторых случаях надежнее разместить в папке сайта файл с именем test.php (или любым другим — значения не имеет) с вот таким содержимым:
<?php phpinfo(); ?>
и открыв в браузере по адресу имясайта.com/test.php посмотреть значение строки «Loaded Configuration File»