Иногда бывает что после системных сбоев или вирусных атак отдельные файлы (или их содержимое) повреждаются и нужно переустановить повреждённые пакеты заново. 

В CentOS это можно сделать выполнив в терминале вот такую команду: 

yum reinstall -y $(rpm -qf $(rpm -Va | egrep "^S.{8} {4}.*" | cut -d ' ' -f5) | uniq -u)