Для быстрого и удобного анализа распределения занятого места на диске очень удобно использовать консольную утилиту ncdu. По-умолчанию она не установлена на сервере, но это легко исправить выполнив 

yum install ncdu -y

или (в случае с Debian/Ubuntu)

sudo apt-get install ncdu -y

использование утилиты очень простое: 

ncdu /path/to/folder

, где /path/to/folder — путь к анализируемой папке. 

Если нужно проанализировать занятое место на всем диске, то запустите программу вот так: 

ncdu /

В итоге программа выведет информацию по объему файлов в каждой папке вот так: 

ncdu 1.12 ~ Use the arrow keys to navigate, press ? for help                                                                                                                                                                                 
--- / --------------------------------------------------------------
    2,9 GiB [##########] /usr
    1,2 GiB [####      ] /home
    1,0 GiB [###       ] /var
  505,5 MiB [#         ] /lib
  276,9 MiB [          ] /root
  264,1 MiB [          ] /opt
  110,8 MiB [          ] /boot                                                                                                                                                                                                               
   32,7 MiB [          ] /etc
    8,9 MiB [          ] /tmp
e   4,0 KiB [          ] /srv
e   4,0 KiB [          ] /selinux
e   4,0 KiB [          ] /media
e   4,0 KiB [          ] /cgroup
    4,0 KiB [          ]  .rnd
@   0,0   B [          ]  backup

По количеству # можно «на глазок» найти самые объемные папки, а цифры слева помогают точно определить их объем со всем содержимым. 

Выбрав интересующую папку стрелками на клавиатуре и ловко нажав «Enter»  можно заглянуть внутрь интересующей папки.